ITS ANALYSIS

MÉTODOS

Para establecer el mejor flujo de trabajo se siguieron varios flujos de trabajos según detalla la Figura 1.
Figura 1. Métodos

Figura 1. Métodos

Claves de cada método:

  • OC : Cutadapt + OTUS (qiime2)

  • OIM : Itsxpress dentro de qiime2 y luego exportado (para remover empty seqs) y luego importado nuveamente para seguir con el flujo de trabajo de OTUS.

  • OISM : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que hiciera el merged y luego importadas a qiime2 (unidas), seguido por OTUS como single.

  • OJIS : Reads joined dentro de qiime2 y luego exportadas para Itsxpress y luego importadas a qiime2 nuevamente para seguir el flujo de OTUs.

  • OISS : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que NO hiciera el merged y luego importadas a qiime2 (separados), seguido por unidas con vsearch y luego flujo de OTUS.

  • AC : Cutadapt + DADA2 (en R) y luego importadas para lo demás en qiime2

  • AISM : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que hiciera el merged y DADA2 (en R) luego importadas a qiime2

  • AJIS : Reads joined dentro de qiime2 y luego exportadas para Itsxpress y DADA2 (en R), luego importadas a qiime2

  • AISC : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que NO hiciera el merged y DADA2 (en R) luego importadas a qiime2 (separados), necesitaron cutadapat en DADA2 porque en algunos casos salieron primers.

RESUMEN READS Y FEATURES

Según los diferentes métodos seguidos se obtuvieron diferentes resultados de número de reads y features (otus o asvs).

Table 1. Features y Reads totales por método

Table 2. Readas por muestra

Table 3. Reads por muestra removiendo singletons

Table 4. Número de taxas a cada nivel taxonómico

ALPHA DIVERSIDAD

Figura 2. Alpha diversidad a todos los órdenes

Figura 3. Alpha diversidad por polígono al orden q=0

Figura 4. Alpha diversidad por polígono al orden q=1

Figura 5. Alpha diversidad por polígono al orden q=2

BETA DIVERSIDAD

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

Fig 7. PCA’s todos los métodos

BETAPART - Turnover and Nestedness

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

Fig. 8 Betadsiper todos los métodos

BETAPART: temporal/season

Fig 9. Beta jaccard temporal

Fig 9. Beta jaccard recambio temporal

Fig 9. Beta jaccard nestedness temporal

ASIGNACIÓN TAXONÓMICA

Fig 10. Heatmap

Fig 10. Heatmap

Fig 10. Heatmap