ITS ANALYSIS
MÉTODOS
Para establecer el mejor flujo de trabajo se siguieron varios flujos de trabajos según detalla la Figura 1.
Figura 1. Métodos
Claves de cada método:
OC : Cutadapt + OTUS (qiime2)
OIM : Itsxpress dentro de qiime2 y luego exportado (para remover empty seqs) y luego importado nuveamente para seguir con el flujo de trabajo de OTUS.
OISM : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que hiciera el merged y luego importadas a qiime2 (unidas), seguido por OTUS como single.
OJIS : Reads joined dentro de qiime2 y luego exportadas para Itsxpress y luego importadas a qiime2 nuevamente para seguir el flujo de OTUs.
OISS : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que NO hiciera el merged y luego importadas a qiime2 (separados), seguido por unidas con vsearch y luego flujo de OTUS.
AC : Cutadapt + DADA2 (en R) y luego importadas para lo demás en qiime2
AISM : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que hiciera el merged y DADA2 (en R) luego importadas a qiime2
AJIS : Reads joined dentro de qiime2 y luego exportadas para Itsxpress y DADA2 (en R), luego importadas a qiime2
AISC : Itsxpress standalone (por fuera) con la opción de que NO hiciera el merged y DADA2 (en R) luego importadas a qiime2 (separados), necesitaron cutadapat en DADA2 porque en algunos casos salieron primers.
RESUMEN READS Y FEATURES
Según los diferentes métodos seguidos se obtuvieron diferentes resultados de número de reads y features (otus o asvs).
Table 1. Features y Reads totales por método
Table 2. Readas por muestra
Table 3. Reads por muestra removiendo singletons
Table 4. Número de taxas a cada nivel taxonómico
ALPHA DIVERSIDAD
Figura 2. Alpha diversidad a todos los órdenes
Figura 3. Alpha diversidad por polígono al orden q=0
Figura 4. Alpha diversidad por polígono al orden q=1
Figura 5. Alpha diversidad por polígono al orden q=2
BETA DIVERSIDAD
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
Fig 7. PCA’s todos los métodos
BETAPART - Turnover and Nestedness
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
Fig. 8 Betadsiper todos los métodos
BETAPART: temporal/season
Fig 9. Beta jaccard temporal
Fig 9. Beta jaccard recambio temporal
Fig 9. Beta jaccard nestedness temporal
ASIGNACIÓN TAXONÓMICA
Fig 10. Heatmap
Fig 10. Heatmap
